동물병원 진료비, 부가세 면세 맞나요?

동물병원에서 질병의 예방과 치료를 목적으로 하는 반려동물 진료는 대부분 면세입니다. 법이 수의사의 용역을 면세로 두고, 그중 동물 진료용역의 범위를 고시로 정해두었는데, 그 고시가 진찰·입원관리·접종·투약·검사·증상에 따른 처치·질병의 예방 및 치료까지 진료행위 전반을 담고 있습니다.

그래서 동물병원에서 부가세가 문제되는 자리는 좁습니다. 미용·호텔·사료 및 용품 판매가 과세이고, 여기에 잘 안 보이는 한 자리가 더 있습니다. 진찰 없이 심장약이나 구충제 같은 완제품 약만 건네고 대금을 받은 거래입니다. 고시가 「접종 및 투약」을 면세로 두면서 이 경우를 명시적으로 빼놓았습니다. 미용도 호텔도 하지 않는 병원에서 과세 매출이 생기는 자리가 대개 여기입니다.

2026년 10월 26일 기준이며, 부가가치세법(2026. 1. 2. 시행)과 같은 법 시행령(2026. 4. 1. 시행), 「부가가치세 면제대상인 동물의 진료용역」 고시(농림축산식품부고시 제2025-92호, 2026. 1. 1. 시행), 소득세법(2026. 7. 1. 시행) 원문을 확인하고 작성했습니다.

동물병원 진료는 부가세 면세인가요?

질병의 예방과 치료를 목적으로 하는 진료라면 대부분 면세입니다.

법은 수의사가 제공하는 용역을 면세로 두면서, 동물의 진료용역에 대해서는 면세 범위를 다섯 갈래로 정했습니다. 그중 반려동물 진료는 마목에 들어갑니다. 나머지 네 갈래는 가축·수산동물·장애인 보조견·기초생활수급자가 기르는 동물에 대한 진료라서, 일반 반려동물 병원과는 관계가 없습니다.

구분	내용
마목	질병 예방 및 치료를 목적으로 하는 동물의 진료용역 중 고시로 정한 것 ← 반려동물 진료
가목~라목	가축 / 수산동물 / 장애인 보조견 / 기초생활보장법상 수급자가 기르는 동물에 대한 진료용역

그리고 마목의 고시가 정한 범위가 넓습니다.

고시가 정한 면세 진료용역	비고
진찰 및 입원관리
접종 및 투약	완제품 형태의 약을 병원에서 그냥 사 가는 경우는 제외
검사
증상에 따른 처치
질병의 예방 및 치료	표준화된 분류체계가 고시된 질병은 해당 예방·치료행위에 적용

세부 진료용역은 고시 별표에 항목으로 정해져 있습니다. 항목은 개정으로 늘어나 왔고, 지금 적용되는 것은 2026년 1월 1일 시행 고시입니다.

근거: 부가가치세법 제26조 제1항 제5호, 같은 법 시행령 제35조 제5호, 「부가가치세 면제대상인 동물의 진료용역」(농림축산식품부고시 제2025-92호) 제2조

동물병원에서 과세 매출이 생기는 자리는 어디인가요?

세 자리입니다. 아래는 개인 병원이든 법인 병원이든 같습니다.

① 진료가 아닌 것

미용과 호텔은 진료가 아니고, 사료와 용품은 용역이 아니라 물건을 판 것입니다. 면세로 정해진 것은 수의사가 제공하는 용역이므로 여기에 들어오지 않습니다.

처방식 사료가 헷갈리는 자리입니다. 원장님 입장에서는 처방이 들어갔으니 진료 쪽으로 느껴집니다. 그런데 법이 보는 구분은 그것이 용역인지 물건인지입니다. 처방이 함께 있었다는 사실만으로 사료가 용역이 되는 것은 아닙니다. 다만 그 건을 어떻게 보는지는 진찰·처방과 사료 공급이 하나의 거래로 묶이는지에 따라 달라질 수 있어, 수납 기록을 보고 판단합니다.

② 진찰 없이 완제품 약만 건넨 거래 ← 잘 안 보이는 자리

고시는 「접종 및 투약」을 면세로 두면서, 괄호로 완제품 형태의 제제를 동물병원 내에서 단순 구입하는 경우는 제외한다고 적어두었습니다.

원장님 수납 항목의 말로 바꾸면 이렇습니다. 심장약, 구충제, 외부기생충 예방약처럼 완제품 형태로 들어온 약을 진찰이나 처치 없이 그대로 건네고 대금만 받은 건입니다. 그 거래는 투약이 아니라 물건을 판 것으로 읽힙니다.

실무에서 갈리는 지점은 중간지대입니다. 재진 환자에게 지난번과 같은 약을 다시 내어주는 경우처럼, 그 거래에 진찰이나 처치가 있었던 것으로 볼 수 있는지가 갈림길이 됩니다. 그리고 그것을 나중에 보여주는 자료가 진료 기록입니다. 수납 항목만 남아 있고 그 건의 진료 기록이 없으면, 어느 쪽이었는지를 보여줄 자료가 없습니다.

③ 질병의 예방·치료 목적이 아닌 진료

고시의 면세 범위는 「질병의 예방 및 치료 목적」이라는 전제 위에 서 있습니다. 이 전제에서 벗어나는 처치는 범위 밖입니다.

실제로 헷갈리는 자리는 치료인지 관리인지가 갈리는 수납 항목입니다. 중성화, 스케일링, 발톱·털 관리성 처치처럼 매일 찍는 항목들이 여기서 갈립니다.

여기서 결론을 단정해 드리지는 않겠습니다. 면세 여부는 고시 별표의 세부 항목에 그 처치가 어떻게 올라가 있는지, 그리고 그 건이 질병의 예방이나 치료를 목적으로 한 것으로 볼 수 있는지에 따라 갈립니다. 원장님이 보셔야 할 것은 이 두 가지입니다.

1. 그 처치가 고시 별표의 항목에 들어가 있는지
2. 그 건의 진료 기록에 질병의 예방이나 치료라는 목적이 남아 있는지

같은 이름의 처치라도 2번이 다르면 결론이 달라질 수 있습니다. 그래서 수납 항목 이름만으로는 판단이 끝나지 않습니다.

과세가 생기는 자리는 넓지 않습니다. 다만 그 자리가 수납 항목 안에 섞여 있습니다.

근거: 부가가치세법 시행령 제35조 제5호, 고시 제2조 제1항 제2호

면세와 과세가 섞이면 매입세액은 어떻게 나누나요?

결론부터 말씀드리면, 동물병원은 대개 나누는 쪽입니다. 전부 공제하는 예외가 법에 있지만, 그 예외는 면세 비중이 아주 작은 사업자를 위한 것이어서 면세 비중이 큰 동물병원은 해당되지 않는 경우가 많습니다.

먼저 말을 하나 풀어두겠습니다. 매입세액은 원장님이 장비·임차료·물품을 사면서 함께 낸 부가세입니다. 과세 매출에 쓴 것은 공제 대상이 되고, 면세 매출에 쓴 것은 공제 대상이 아닙니다. 그래서 어느 쪽에 쓴 것인지를 가리는 일이 생깁니다.

어느 쪽에 쓴 것인지 구분되는 것은 그대로 귀속시킵니다. 구분할 수 없는 것만 나눕니다(법에서는 안분이라고 합니다). 이렇게 구분이 안 되는 매입세액을 공통매입세액이라고 합니다. 임차료, 전기료, 공용 소모품처럼 병원 전체에 걸친 지출이 여기에 남습니다.

항목	처리
어느 쪽에 쓴 것인지 구분되는 매입세액	구분된 대로 귀속
구분할 수 없는 공통매입세액	공통매입세액 × (면세 매출 ÷ 전체 매출) = 면세분
연 2회 신고 중 앞 신고(예정신고) 때	그 기간 비율로 나눈 뒤, 확정신고 때 정산

나누지 않고 전부 공제하는 경우도 법에 있습니다. 다만 조건이 이렇습니다.

• 해당 과세기간 전체 매출 중 면세 매출이 5% 미만인 경우의 공통매입세액. 단 공통매입세액이 500만원 이상이면 제외됩니다.
• 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우

면세 매출이 5% 미만이어야 적용되는 예외라서, 면세 비중이 큰 동물병원은 첫 번째 예외와는 반대 방향에 놓이게 됩니다.

근거: 부가가치세법 제40조, 같은 법 시행령 제81조 제1항·제2항

여기부터는, 먼저 묻기 어려우셨을 것들입니다

묻기까지 시간이 걸리는 질문들이 있습니다. 사소해 보여서, 혹은 그동안 해온 방식을 말씀드리기가 어려워서 미뤄두시는 것들입니다. 먼저 적어둡니다. 묻지 않으셔도 되도록.

수의업은 현금영수증 의무발행업종인가요?

아래는 개인사업자(개인 병원) 기준입니다. 법인으로 전환하신 병원은 근거 조문이 달라 적용 범위를 따로 확인하셔야 합니다.

해당합니다. 소득세법 시행령 별표 3의3의 「보건업」에 수의업이 들어가 있습니다. 의료업·수의업·약사업은 매출 규모와 무관하게 현금영수증 가맹점 가입 의무 대상이고, 가입은 요건에 해당하는 날(개업일, 업종 추가일 등)부터 60일 이내입니다.

의무발행업종의 사업자는 건당 거래금액이 부가가치세를 포함해 10만원 이상인 경우, 상대방이 요청하지 않아도 현금영수증을 발급해야 합니다. 사업자에게 공급하고 세금계산서나 계산서를 발급한 경우는 제외됩니다.

상황	가산세
발급의무 위반 — 발급하지 않음	미발급금액의 20%
착오·누락이었고, 대금을 받은 날부터 10일 이내에 자진 신고하거나 자진 발급	10%
발급 요청을 거부하거나 사실과 다르게 발급 (건당 5천원 이상 거래)	건별 5% (최소 5천원)
가맹점 미가입	해당 과세기간의 수입금액(가입대상 업종분만, 세금계산서·계산서 발급분 등은 제외) × 미가입기간 ÷ 365(윤년 366) × 1%

지나간 건은 어떻게 되는지, 있는 대로 말씀드립니다. 위 표의 10% 완화는 「착오나 누락으로, 대금을 받은 날부터 10일 이내」에만 걸립니다. 10일이 지난 과거분의 가산세를 달리 보는 규정은 법에 없습니다. 법에 적혀 있는 경로는 10일 이내 하나뿐입니다. 그래서 지나간 것과 지금 막 받은 것은 처리가 다릅니다.

오늘 혼자 확인하실 수 있는 것이 둘 있습니다. 현금영수증 가맹점으로 가입되어 있는지, 그리고 10만원 이상 현금 수납 건에 발급 이력이 남아 있는지입니다. 둘 다 홈택스에서 조회됩니다. 여기까지 보시면 지금 상태가 어느 쪽인지는 아실 수 있습니다.

근거: 소득세법 제162조의3 제1항·제4항, 제81조의9 제2항, 같은 법 시행령 제210조의3 제12항 및 별표 3의3

원장 개인 카드로 산 병원 물품은 경비가 되나요?

이 항목과 다음 항목은 개인사업자(개인 병원) 기준입니다. 법인으로 전환하신 병원은 적용되는 법이 달라 결론이 같지 않을 수 있습니다.

결제 수단으로 갈리지 않습니다. 법이 보는 기준은 그 지출이 수입금액에 대응하는 비용인지, 그리고 일반적으로 용인되는 통상적인 것인지입니다.

그래서 개인 카드로 결제했다는 사실 자체가 경비를 부정하는 사유가 되지는 않습니다. 반대로 병원 카드로 결제했다는 사실만으로 경비가 되는 것도 아닙니다. 진료와 무관한 지출은 병원 카드로 결제해도 경비가 아닙니다.

실무에서 갈리는 것은 대개 그 지출이 병원 일에 쓰였다는 것을 나중에 설명할 수 있는가입니다. 사료 샘플이나 홍보용 촬영 소품처럼 용도가 섞이기 쉬운 지출일수록 그렇습니다.

근거: 소득세법 제27조 제1항

공동원장인데 소득은 어떻게 나누나요?

공동개원이 아니시면 이 항목은 넘기셔도 됩니다.

공동으로 경영하고 손익을 분배하는 경우, 병원 하나를 한 사람처럼 보아(법에서는 1거주자라고 합니다) 소득금액을 먼저 계산합니다. 그 다음 약정된 손익분배비율로 각자에게 나눕니다.

약정된 손익분배비율이 없으면 지분비율에 따릅니다. 그래서 실제 정산 방식과 신고상의 비율이 어긋나면 그때부터 설명할 것이 생깁니다.

한 가지 더 있습니다. 공동사업자 중에 가족 등 특수관계인이 포함되어 있고 손익분배비율을 거짓으로 정한 경우에는, 그 특수관계인의 소득금액을 손익분배비율이 큰 공동사업자의 소득으로 봅니다. 나눈 것이 나눈 것으로 인정되지 않는 경우가 생깁니다.

공동개원 구조에서 법인 전환을 함께 검토하시는 경우라면 개인사업자 법인전환, 언제 검토해야 할까요?도 함께 보시면 도움이 됩니다. 다른 주제가 필요하시면 세무 가이드에 주제별로 모아두었습니다.

근거: 소득세법 제43조 제1항·제2항·제3항

구성 예시 2개

아래 두 개는 실제 상담 사례가 아닙니다. 동물병원에서 자주 겹치는 상황을 모아, 설명을 위해 구성한 예시입니다. 실제 결론은 병원마다 다릅니다.

구성 예시 ① — 미용도 호텔도 안 하는데 과세 매출이 있었던 경우

진료만 하는 병원입니다. 겸업이 없으니 전부 면세라고 보고 있었습니다.

그런데 수납 항목을 펼쳐 보니 심장약과 구충제를 진찰 없이 그대로 건네고 받은 대금이 따로 쌓여 있었습니다. 고시가 「접종 및 투약」에서 완제품 단순 구입을 빼놓은 자리입니다. 과세 매출이 있으면 면세와 과세를 같이 하는 사업자가 되고, 그때부터 공통매입세액을 나누는 문제가 따라옵니다.

여기서 갈리는 것: 그 거래가 투약의 일부였는지, 물건을 판 것인지. 진료 기록과 수납 항목이 연결되어 있으면 그 판단의 근거가 남습니다.

구성 예시 ② — 단독 원장인데 수납 항목이 섞여 있던 경우

혼자 운영하는 병원입니다. 진료 외에 사료와 처방식, 영양제를 함께 두고 있었습니다.

수납은 한 건으로 받고 있었습니다. 진료비와 사료값이 같은 영수증에 한 줄로 들어가 있어서, 면세와 과세의 비율을 계산할 근거가 없었습니다. 그런데 같은 해에 초음파 장비를 들였습니다. 그 장비의 매입세액은 면세 진료에 쓰는지 과세 항목에 쓰는지에 따라 처리가 달라지고, 병원 전체에 걸친 임차료·전기료는 공통매입세액으로 남습니다.

여기서 갈리는 것: 수납 단계에서 진료와 비진료가 항목으로 나뉘어 기록되는지. 비율을 모르면 나눌 수도 없습니다.

여기서부터는 원장님 자료를 봐야 알 수 있습니다

여기까지는 대부분의 동물병원에 공통으로 적용되는 내용입니다.

다만 원장님 병원의 결론은 아래에 따라 갈립니다.

1. 수납 항목이 진료와 비진료로 항목으로 나뉘어 기록되고 있는지
2. 완제품 약만 건넨 건이 진료 기록과 연결되어 있는지
3. 미용·호텔·용품 판매가 전체 매출에서 차지하는 비중 (대략 몇 %인지)
4. 임차료·전기료처럼 병원 전체에 걸친 지출이 한 해에 얼마쯤인지
5. 공동개원이라면 약정된 손익분배비율과 실제 정산 방식
6. 개인 병원인지, 법인으로 전환한 병원인지

특히 1번과 2번이 정리되어 있지 않으면 면세와 과세의 비율 자체를 계산할 수 없고, 그러면 4번도 나눌 수 없습니다.

미리 보면 선택지가 남고, 닥쳐서 보면 선택지가 줄어드는 편입니다.

저희는 닥치기 전에 먼저 말씀드립니다. 숫자와 함께, 그 숫자가 무슨 뜻인지도 말씀드립니다. 지금 정하실 일과 나중에 보셔도 되는 일을 나눠서 말씀드립니다. 정하시는 것은 원장님입니다.

수납 항목에 약만 받아 가신 건이 따로 잡히는지, 그것만 알려주시면 어디를 먼저 보시면 되는지 말씀드립니다.

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자주 묻는 질문

미용·용품 판매를 전혀 하지 않는데, 그래도 과세 매출이 생길 수 있나요?

생길 수 있습니다. 고시는 「접종 및 투약」을 면세로 두면서, 완제품 형태의 약을 동물병원에서 단순 구입하는 경우는 제외한다고 적어두었습니다. 진찰이나 처치 없이 완제품 약을 건네고 대금을 받은 건이 있으면, 겸업 여부와 무관하게 그 부분은 과세 매출이 됩니다.

애견호텔을 같이 하면 사업자를 따로 내야 하나요?

사업장과 운영 형태에 따라 달라집니다. 다만 같은 사업자 안에서 면세와 과세가 함께 발생하면 둘을 같이 하는 사업자가 되고, 그때부터 공통매입세액을 나누는 문제가 따라옵니다. 사업자를 나누는 쪽이 항상 유리하다고 볼 수도 없으므로, 매출 구성을 보고 정하는 편이 정확합니다.

개원 첫해인데 부가세 신고를 아예 안 해도 되나요?

과세 매출이 있다면 신고 대상입니다. 면세 매출만 있는 경우에도 2월에 매출 내역을 신고하는 절차(사업장현황신고) 등 별도의 의무가 있을 수 있습니다. 개원 첫해에는 인테리어·장비처럼 매입세액이 큰 지출이 몰리는데, 과세사업에 귀속되는 부분은 공제 대상이 되므로 처음부터 구분해 두시는 편이 낫습니다.

가족을 직원으로 등록하고 급여를 주어도 되나요?

법이 보는 기준은 가족인지 여부가 아니라, 실제 근무 사실과 급여 수준이 통상적인지입니다. 실제로 근무하고 그에 상응하는 급여를 지급했다면 인건비로 봅니다. 근무 내용과 근태를 나중에 설명할 수 있도록 남겨두시는 편이 좋습니다.

장비를 리스로 들이는 것과 사는 것 중 세금 면에서 어느 쪽이 나은가요?

리스는 계약 형태에 따라 비용 처리 방식이 달라지고, 구입은 여러 해에 나누어 비용으로 반영됩니다(법에서는 감가상각이라고 합니다). 또 그 장비를 면세 진료에 쓰는지 과세 항목에 쓰는지에 따라 매입세액 처리도 달라집니다. 어느 쪽이 나은지는 계약서와 사용 용도를 함께 봐야 비교가 가능합니다.

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작성: 세무사 심규현

심규현 세무회계사무소 · 대구 북구 유통단지로 50 전기조명관 4층 401호 · 0507-1476-2930

기준일: 2026. 10. 26.

인용 법령·고시

• 부가가치세법(2026. 1. 2. 시행) 제26조·제40조
• 같은 법 시행령(2026. 4. 1. 시행) 제35조·제81조 — 원문
• 「부가가치세 면제대상인 동물의 진료용역」(농림축산식품부고시 제2025-92호, 2026. 1. 1. 시행) 제2조 — 원문
• 소득세법(2026. 7. 1. 시행) 제27조·제43조·제81조의9·제162조의3
• 같은 법 시행령 제210조의3 및 별표 3의3 — 원문
• 현금영수증 발급의무 — 국세청

이 글은 일반적인 세무 정보를 안내하기 위한 것입니다. 개별 병원의 상황에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 실제 판단은 담당 세무사와 상담하신 뒤 정하셔야 합니다.